Początki Kolegium sięgają pierwszej dekady XIV wieku, kiedy to w roku 1304, obradująca w Tuluzie Kapituła Generalna Zakonu Kaznodziejskiego erygowała Studium Generale Polskiej Prowincji Dominikanów z siedzibą w Krakowie. W kolejnych dekadach po erygowaniu kształtowały się struktury krakowskiego Studium oraz powstawała niezbędna dla jego funkcjonowania infrastruktura, m.in. w roku 1403 została ufundowana specjalistyczna biblioteka. W roku 1580 krakowskie Studium Generale uzyskało tzw. przywileje bolońskie, co świadczy o jego wysokim poziomie i znacznej liczbie studentów. W XIX wieku wskutek polityki zaborcy krakowska uczelnia dominikanów utraciła status Studium Generale. Na nowo zostało ono ustanowione dopiero 4 grudnia 1950 roku przez ówczesnego generała Zakonu Dominikanów, o. Manuela Suáreza OP.